Se denomina complejo mayor de histocompatibilidad a un complejo o conjunto de genes acoplados en hilera en un único cromosoma (número 6 en humanos). Los genes CMH codifican glucoproteínas que se expresan sobre la superficie celular y así contribuyen a determinar si el tejido trasplantado de un individuo a otro, dentro de la misma especie, o alotrasplante, es rechazado por una reacción inmune.

Debido a esto, los genes CMH se denominan genes de la histocompatibilidad y los productos de esos genes (las moléculas de CMH) se denominan antígenos de la histocompatibilidad o antígenos de tipos tisulares. También se emplea la denominación antígenos de trasplante, dado que los antígenos de los tipos tisulares pueden causar el rechazo de un tejido trasplantado.

Existen varios sistemas de tipos tisulares en el tejido del organismo, donde cada sistema incluye un conjunto de propiedades bajo la forma de moléculas codificadas por un grupo de genes acoplados, como por ejemplo, el CMH. Así, todos los vertebrados poseen un sistema fuerte o complejo mayor de histocompatibilidad que codifica antígenos de trasplante, además de varios sistemas débiles que codifican antígenos débiles. Estos últimos desencadenan una reacción de rechazo mucho más retrasada, por lo que es de menor importancia respecto del tratamiento del trasplante.

El CMH se caracteriza por mostrar gran polimorfismo genético, con gran número de alelos correspondientes a cada locus, lo cual da como resultado una cantidad muy elevada de moléculas distintas y muchos tipos tisulares diferentes en la población.

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